V rotundě je řada maleb, které se staly významným prostředkem různých politických snah.

 A přesto je téměř zázrak, že se zachovaly. V 19. století totiž rotunda sloužila jako dřevník, prasečí chlívek, výčep a tančírna a nakonec jako košíkářská dílna.  

 Přemyslovský cyklus dokládá svrchovanost české státnosti ve střední Evropě. Němečtí historikové se např. snažili vydávat malbu Přemysla za svatého Isidora, a zástup moravských knížat za valkýry z germánské mytologie.

Za druhé světové války měl zvrátit výklad o české státnosti vídeňský odborník roku 1938. Neuspěl a tak byla rotunda uzavřena. Jediným návštěvníkem po celou dobu války byl K.H. Frank a germanizátor Frick.  

 Archeolog - amatér dr. Jaroslav Zástěra přišel se senzační teorií počátků české státnosti. Kořeny počátků našeho státu jsou podle něj ve Znojmě.

 Podle dr. Zástěry znojemská rotunda pochází už z velkomoravské doby. V ní zobrazená přemyslovská knížata jsou pouze na horním pásu maleb, ve spodním pásu jsou zobrazena velkomoravská knížata, kteří jsou také pod rotundou pohřbeni. Je také možné, že pod ní je i hrob svatého Metoděje.

 Zatímco dříve měly všechny zobrazené postavy nad hlavami pásky se svými jmény, jména byla prý úmyslně poškozena právě Přemyslovci, kteří se styděli za svůj velkomoravský původ spojený s Byzancí, zatímco oni se orientovali na západní, Franskou říši.     

Kronikář Kosmas dostal za úkol přepsat dějiny tak, aby vyhovovaly tehdejší politické potřebě vládců.   

Znojmo by tak mělo už římský původ, zde sídlil již kníže Sámo - Přemysl. Kníže Rastislav zde nechal roku 870 postavit hlavní moravský chrám - znojemskou rotundu. V rotundě je i obraz Sáma - je to ten, kdo má péřovou korunu.

 Na malbách v rotundě lze najít písmena Z.A.M.O. a latinský název "Založil Metoděj". V okolí rotundy byly nalezeny střepy z nádob, které lze považovat za velkomoravské.

Pod rotundou a v jejím okolí byly objeveny základy přemyslovského paláce s nedokončenou podzemní chodbou, směřující k rotundě, která ale ústí do skály.

V hloubce 8 m pod rotundou byly geologickým radarem zaznamenány jisté nehomogenity, ale dosud není jasné, o co jde. Může jít o chodby, zasypané hroby, nebo i nějaké zvláštní, ale přesto přirozené geologické útvary.   

Připravuje se také důkladný průzkum maleb v rotundě.